口袋妖怪蓝宝石单机版是一款角色扮演类游戏，属于口袋妖怪系列第三世代游戏的其中之一。游戏中，玩家将来到丰缘地区，扮演一位初出茅庐的宝可梦训练师。在这里，有全新的宝可梦种类等待玩家结识与收服，玩家的核心目标是战胜四大天王，完成宝可梦图鉴，同时阻止敌对组织的阴谋，维护丰缘地区的和平与秩序。
在口袋妖怪蓝宝石单机版中，玩家可以使用金手指来获得一些额外的优势。想要快速练级的精灵未出场时，可以携带道具“学习装置”，这样可以分得一半的经验值。而如果想要快速练级的精灵出场时，可以携带道具“幸运蛋”，这样在对战结束后获得的经验值将提升50%。与培育者ID不同的精灵在战斗结束后也可以获得更多的经验。玩家可以根据需求带上相应的道具，不断刷四大天王，以快速升级。
当遇到野生宝可梦或与其他训练师对战时，便进入回合制对战模式。玩家可根据宝可梦的属性、技能以及对手情况，选择合适的技能指令宝可梦发动攻击。宝可梦有各自的属性，如草、火、水、电等，属性之间存在相克关系，合理利用属性相克能在对战中占据优势。战斗胜利后，玩家的宝可梦可获得经验值，经验值累积到一定程度宝可梦就会升级，提升各项能力数值，还可能学会新技能。
无限的精灵球：02025A96:63
无限的物品：020259F6:63
快速获得大量经验：0202494C:99
无限的金钱：02025926:0f
特殊道具：梦幻船票：02025A44:00010113
其他特殊功能：
满载的道具和精灵球：通过特定的金手指代码实现。
直接前往某些区域：如南之孤岛等。
选美表演得分MAX。
购物不减金钱。
口袋妖怪蓝宝石单机版中的进化系统是mega进化而不是超进化，mega进化是在第六世代之后才出现的新系统，目前只有X、Y、ORAS和最新的日、月版本才有mega进化，之前的版本是没有mega进化的。具体操作方式如下：打开游戏背包，找到Mega手环，然后在口袋妖怪的身上带上进化石。选择技能界面按下开始键，再正常释放技能，就可以使口袋妖怪进行超进化。
1.开始时选择男女只。
2.下车，上楼调整时间。
3.与邻居家打招呼。
4.继续走，看见博士被追。选地上一个包中的精灵。战斗!
5.博是把你带到家，给你东西。
6.继续往先走，再下一个城市口子上的阿姨说话，她把我带到SHOP前，还送了我一个加HP的道具。
7.往上面走，几步就看到刚才的对手，和她打了个招呼，然后贬她。
8.回到刚才有PC的地方，在门口又看见了对手，说话。
9.出来，看见妈妈，对话后，按B可以跑的。
10.跑去被挡住的那个地方，那个叔叔不见了。
11.到了一个新城市，然后去GYM。里面的人竟然是爸爸。
12.正当我们惺惺相吸的时候，一个家伙进入，和我抓怪物。
13.向上走，进树林，反派人物登场，开贬!
14.走了很长一段路，来到了新城市。
15.然后去打GYM。
16.一出去就看到那个什么队的家伙从左边的大楼冲出来，从右边出镇子，路上的房子被人挡了。
17.前面就是山洞，一个老家伙告诉你他的怪物被抢了，走进洞去，果然。打败坏蛋后，那老头慢慢走进来，牵着他的小沙鸥就走了。
18.在路口被一个叔叔拦住，原来他是那栋楼里的家伙，为了感谢你给了你一个道具，然后把你领到那里的3楼去见他们的老板。
19.老板给你游戏的重要道具，用这个可以看到地图和拥有的妖怪的状态。
20.回到哪里原来那个老头是船的主人，选择是之后，他就把你带到了一个小岛上去了。
21.这里的GYM使用的是格斗系的,战胜他之后照例给了你一个勋章。
22.从上面出镇子，可以拿到5号密传机器(闪光)。
23.进山洞，到了上层，看到一个家伙又给了你道具就跑了。
24.继续坐船，选第2个地方，这里是一个海滨城市。
25.海族管门口被火之团(蓝宝石里是水之团)的家伙给围住了进不去，出镇子外面的路也封死了。
26.先和右下方工厂里的老板说话，水族管门口的家伙不见了，进去交50元的参观费。
27.一个家伙还给了你一个技能机器。
28.上楼刚和那个研究员样的人说话，火之团(蓝宝石里是水之团)的人利马冲了近来，打跑之后，零件入手。
29.原先被火之团(蓝宝石里是水之团)挡住的路口也可以进了，往前走。
30.途中又遇到了对手，击败他之后继续前进就可以到达游戏城。
31.自行车店里老板送给你一辆自行车。
32.商店右边的的屋子里，可得到6号密传机器(碎石)。
33.GYM前有2个家伙在嘀咕什么，原来他们也是挑战者，打到他后，再打倒GYM。
34.得到道具，从111号道路来到113号道路，来到一个山脉，里面看到火之团(蓝宝石里是水之团)和水之团的人，一说话，全跑了。
35.出了洞一直往下走就回到了原先的出发点，进去山洞把石头破坏，两个情侣终于见面，得到密传机器4号(怪力)。
36.右边出来继续走就回到了原地，在往上走，来到下雪的113号公路，上山。
37.做缆车看见水之团和火之团(蓝宝石里是水之团)的人在斗狗，轻松搞定，从面前的机器得到道具。
38.从下面出来来到树林，一直走，来到一个都是老人的村子，然后去打GYM。
39.延着路走，来到底下会冒气的那个洞，使用怪力推动石头，得到技能机器5和火之石。
40.接下来骑自行车去中转站，回去爸爸的道场现在可以挑战他了，战胜他只后收齐了5个勋章了!
41.得到徽章后去GYM屋左边的屋子就能拿到冲浪。
42.接着去地图中间的那个镇子，就是右边是海去不了的那个。
43.使用冲浪，来到对岸，一直向上爬，在一个高塔的建筑物内，再一次击败了火之团(蓝宝石里是水之团)，研究员为了感激你，送给你一只25级的妖怪!
44.出来过桥，战胜了对手后，拿到密传机器02(飞击)。
45.往右走，到了一个新城市。这里的GYM被东西挡住进不去了，继续往前走，在一座桥上，有人会给你喷物机。之后去打GYM。
46.通过了120，121道路到达了下一个城市，然后到122号道路中央的小岛上。
47.到外部去解救被水之团包围的一对老夫妇，击退火之团(蓝宝石里是水之团)后老夫妇会送给主角一件道具。
48.然后到海滨小岛(第二次坐船来到的地方)有潜水艇的码头，会发现潜水艇被火之团(蓝宝石里是水之团)盗走了。
49.主角回到原来的城市，在右边海滩的上方，发现了火之团(蓝宝石里是水之团)的基地，当追到最底部时发现潜水艇已经开走了。
50.主角通过124，125号水道来到下一个城市，在这里有第七个会馆，这个会馆是超人系的，会馆的首领是双胞胎。
51.出道馆后在镇的左上方民居里会得到08号秘传机器(潜水)。
52.然后到127号，128号水道，看见是深蓝色的区域就使用潜水，如果是潜到了整个地图中，唯一一个被深水包住的城市。
53.先去一趟PC，再出来。(这样的话，用飞击能飞到那)。
54.继续潜水，直到潜到进入一个山洞后有个潜水艇的地方，再浮出水面。往前走。
55.进去后里面回游大量的成员，一路打倒不少人后来到最里面，会发现火之团(蓝宝石里是水之团)的首领和传说中的神兽。
56.但因为神兽发怒将整个海底山洞破坏了，神兽也不知去向，而且天空中起了大雾(蓝宝石中下起了大雨)。
57.随后回到原来的城市，会发现神兽逃到了镇里的山洞里，在山洞中随便还拿到了07号秘传机器(攀瀑布)。
58.最后到了洞的最深处，与神兽交战，大战一场后终于将它收入球中，这时大陆上的天气也恢复了正常。
59.出山洞后镇上的会馆也开门了，进去解决掉最后一个会馆，需要把地上的冰全部踩过才可以前进。
60.打败首领后得到了最后一个徽章，并且攀瀑布也能在平时使用了。
61.最后到128号水道，使用攀瀑布下一个镇，通过冠军之路来到了四大天王这里，打倒四大天王。
62.翻版后，回到家里，得到爸爸给的船票，之后去码头，可以去两个不同的地方。
口袋妖怪蓝宝石单机版是一款角色冒险游戏，玩家将跟随主线剧情，与各种角色互动，完成任务。剧情中，玩家会遇到神秘组织水舰队，需要挫败他们的邪恶计划。玩家还能与主人公的父亲、小田卷博士等重要角色交流，获得教导和帮助。
